
E' stato voluto da Federico II, che diede i via alla sua costruzione nel 1227 e ne accellerò i lavori per portarlo a termine nel 1233. Federico lo utilizzò come residenza fortificata per sè e per le sue guarnigioni in una città che sentiva non sicura. Il Casetllo venne ereto per fare da barriera alle ostilità dei brindisini rimasti affezionati ai Normanni, la città che mal sopportavano gli Svevi, di frequente diveniva incubatore di rivolte.
L'Imperatore fece costruire il primo nucleo del Castello, oggi considerata la parte interna, a pianta trapezoidale, essattamete come quello di Bari e di Terni. Il materiale impiegato per la costruzione derivava da vecchie mura e monumenti della citt andati in rovina, come un anfiteatro romano e alcuni templi della medesima epoca Federico II vi fece erigere quattro altissime torri ai suoi angoli. Il castello era difeso su un lato dal mare e sugni altri tre da un largo e profondo fossato. Una vera fortezza in cui i cittadini si sarebbero potutirifugiare in caso di pericoli e attacchi.
Due secoli dopo cambiate le tecniche di guerra e di difesa e comparse le prime armi da fuoco fu necessario per gli aragonesi rafforzare e difendere Brindisi minaccia turca. Così il Castello federiciano du ampliato e fortificato ulteriormente dall’allora Re di Napoli Ferdinando I . Furono costruite nuove cinte murarie, torri circolari, e il fossato venne coperto con numerose volte per ampliare lo spazio interno ed ospitare in caso di necessità tutti gli abitanti della città. Durante i lavori fu anche trovata una fonte d’acqua potabile, utilissima per i lunghi assedi.
Più tardi anche imperatore Carlo V d'Asburgo (1500-1558) ha svolto un ruolo importante nella storia di Brindisi e del suo castello.
Dopo aver messo a sacco Roma nel 1527, la lega costituitagli contro da Francia, Inghilterra, Firenze, Venezia, ducato di Milano e Papa Clemente VII, invase il regno di Napoli e 16.000 soldati e nell'agosto 1528 diedero l'assalto a Brindisi. Comandava in quel il castello Giovanni de Glianes, che credendo a torto o a ragione di aver individuato in una parte dei brindisini l’instaurazione di rapporti amichevoli col nemico, ordinò di prendere a cannonate le abitazioni civili, colpendo così anche gli innocenti e i fedeli all'Imperatore.
Prima di togliere l'assedio, i soldati della lega nemica - non potendo vendicarsi degli artiglieri del castello protetti delle possenti mura del castello, per loro inespugnabile - sfogarono la loro ira, saccheggiando e uccidendo moltissimi abitanti della città. Il saccheggio lasciò Brindisi poverissima e pressoché priva di abitazioni, molte delle quali erano già state demolite dall'artiglieria del castello. Nel 1530 Carlo V fece costuire nuove mura, potenziò ancora una volta i suoi castelli.
Il Castello più tardi fu trasformato in penitenziario prima di essere definitivamente consegnato, nel 1909, alla Marina Militare che lo rese il più importante riferimento per la base navale di grandi unità durante tutta la prima guerra mondiale. Nel secondo conflitto mondiale invece, dal 10 settembre del 1943 all'11 febbraio del 1944, il castello divenne la residenza del Re d’Italia Vittorio Emanuele III, della regina Elena e del maresciallo Badoglio; qui si svolsero le attività amministrative del governo e le funzioni di comando durante tutto il periodo in cui Brindisi è stata Capitale d'Italia.
Oggi Il castello è sede del comando della Brigata Marina San Marco e grazie ad una efficace azione di valorizzazione la struttura registra ogni anno un notevole numero di visitatori, tappa imperdibile per chi vuole conoscere a fondo la storia della città pugliese.
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